"Reinstallation" de la carpeta / usr y / local

¿Cómo podría reinstalar Yosemite manteniendo el software que he instalado mediante brew o macports, pero no los files del "sistema"? Por ejemplo, los files del sistema son / System, / usr, / bin, / Library y tal.

Creo que podría tener que hacer una copy de security de mis files personales, luego hacer un borrado completo del sistema y luego volver a mover todo. hay una manera mas facil?

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